Ustrojstvo upravnih tijela Županije uređeno je Odlukom o ustrojstvu i djelokrugu upravnih tijela Osječko-baranjske županije ("Županijski glasnik" broj 7/25.)
Prema Odluci, upravna tijela Županije su:

Upravna tijela Županije

Tajništvo Županije
Upravni odjel za zajedničke poslove
Upravni odjel za opću upravu
Upravni odjel za gospodarstvo i turizam
Upravni odjel za investicije, infrastrukturu i razvojne projekte
Upravni odjel za javne financije
Upravni odjel za poljoprivredu i ruralni razvoj
Upravni odjel za prostorno uređenje, graditeljstvo i imovinsko-pravne-poslove
Upravni odjel za zaštitu okoliša
Upravni odjel za obrazovanje, kulturu i sport
Upravni odjel za zdravstvo, socijalnu skrb i hrvatske branitelje
Upravni odjel za stambenu politiku, obitelj i mlade
Služba za javnu nabavu
Služba unutarnje revizije

Upravna tijela Županije osnivaju se za obavljanje upravnih, stručnih i drugih poslova iz samoupravnog djelokruga Županije, poslova povjerenih zakonom kao i poslova državne uprave povjerenih zakonom u okviru ovlasti i obveza tijela državne uprave sukladno zakonu kojim se uređuje sustav državne uprave. U obavljanju svojih poslova u području za koje su osnovana upravna tijela osobito:  

1. prate stanje te predlažu poduzimanje odgovarajućih mjera,
2. pripremaju nacrte akata te izrađuju stručne podloge i materijale,
3. izvršavaju odnosno nadziru izvršavanje općih akata i utvrđene politike, te poduzimaju mjere propisane tim aktima,
4. u izvršavanju općih akata Skupštine donose pojedinačne akte kojima rješavaju o pravima, obvezama i pravnim interesima fizičkih i pravnih osoba, ukoliko donošenje tih akata zakonom ili drugim propisom nije povjereno drugom tijelu,
5. rješavaju po žalbama protiv pojedinačnih akata što ih donose upravna tijela gradova i općina s područja Županije,
6. obavljaju druge poslove koji su im povjereni propisima i općim aktima Skupštine.