Na području Županije razvijena je mreža ustanova u djelatnostima visokog obrazovanja i znanosti. Nositelj znanstvene djelatnosti i visokog obrazovanja na području Županije jest Sveučilište J. J. Strossmayera u Osijeku (www.unios.hr) koje u svom sastavu ima 18 znanstveno-nastavnih sastavnica: 12 fakulteta i 5 sveučilišnih odjela, 1 umjetničko nastavnu sastavnicu – Umjetničku akademiju te 4 sastavnice: 3 sveučilišne infrastrukturne ustanove: Gradska i sveučilišna knjižnica Osijek, Studentski centar u Osijeku i Studentski centar u Slavonskom Brodu te trgovačko društvo Tehnologijsko-razvojni centar u Osijeku u vlasništvu Osječko-baranjske županije, Grada Osijeka i Sveučilišta.